Pět 533 mm torpédometů je umístěno v přídi a je možné z nich odpalovat torpéda typu Spearfish, Tigerfish, střely Harpoon nebo vypouštět námořní miny. Do roku 2006, po instalaci zbrojního systému firmy Lockheed Martin Naval Electronic by měly být všechny ponorky této třídy schopné nést a odpalovat střely Tomahawk pro ničení pozemních cílů. Na obranu proti nepřátelským torpédům je ponorka vybavena dvěma výmetnicemi klamných cílů typu pro návnady typu 2066 a 2071. Ponorky třídy Trafalgar tvoří druhou ponorkovou squadronu nazývanou HMS Defiance se základnou v Davenportu. Posádku se skládá z 97 námořníků včetně 13 důstojníků. Navzdory tomu, že se jedná o velmi sofistikovaná plavidla, vyskytla se u těchto ponorek v posledních letech řada závažných technických problémů. Mezi nejvážnější patří únik páry z trubíny ponorky Trenchant v roce 1998, kdy posádka byla nucena reaktor vypnout. Další velmi vážný problém se objevil nedávno. V květnu 2000 byly na chladícím potrubí ponorky Tireless objeveny trhliny. Tireless doplul na dieselový pohon do Gibraltaru, kde dodnes kotví. V říjnu téhož roku britská admiralita stáhla všechny ponorky této třídy z činné služby a podrobila je důkladné prohlídce. Na nejméně čtyřech dalších ponorkách byla zjištěna stejná závada. Zatím ovšem není jasné na kterých.